La longevidad de un organismo se favorece cuando existe una adecuada homeostasis entre el huésped y su microbiota intestinal. Existen pocos alimentos con la capacidad de extender el tiempo de vida útil de un organismo, la Jalea Real (JR) en la abeja Apis mellifera es uno de ellos. El potencial nutriepigenético de la JR se encuentra en sus componentes proteicos, ácidos grasos, metabolitos y microRNAs (miRNAs) que la hacen un nutracéutico importante. En esta revisión abordamos un enfoque hologenómico del proceso de envejecimiento y longevidad haciendo énfasis en el uso de los miRNAs presentes en la JR y la posible modulación que éstos podrían tener sobre la microbiota intestinal.