El cuerpo humano está habitado por células microbianas que coexisten equilibrada y armónicamente en diversos órganos participando en su correcto funcionamiento. Si la proporción de estos microorganismos es alterada de manera significativa, pueden ocurrir disfunciones metabólicas, fisiológicas y/o inmunológicas que repercutan en todo el organismo, llegando a ocasionar o a agravar procesos inflamatorios o incluso, carcinogénicos. En la presente revisión se abordarán aspectos importantes para explicar la naturaleza, así como las causas del desequilibrio de estos microorganismos, se describirán las especies involucradas conocidas; así como su influencia sobre el cáncer, particularmente el de próstata. De igual manera, se describirá el efecto de la modulación del microbioma sobre los diversos protocolos terapéuticos actuales aplicados a pacientes que padecen cáncer como son la quimioterapia, radioterapia e inmunoterapia. Finalmente, se describirán las nuevas terapias experimentales que actúan en cooperación con el microbioma para combatir de una mejor manera este importante padecimiento.