In silico exploration through molecular docking and molecular dynamics of some cinnamoyl substituted compounds on targets related to SARS-CoV-2

La pandemia desatada por la aparición de una nueva cepa del coronavirus SARS-CoV-2 a fines de 2019, ha creado una presión significativa en los equipos de salud y centros de investigación para encontrar tratamientos efectivos que puedan disminuir los efectos de esta enfermedad en los pacientes más graves. Se han utilizado diferentes estrategias en química médica, incluyendo el reposicionamiento de fármacos aprobados con diferentes indicaciones en la clínica, la reevaluación de moléculas experimentales y estudios in silico. En este trabajo, se presenta el diseño y evaluación por acoplamiento molecular y simulación por dinámica molecular de algunos ligandos potenciales hacia cuatro enzimas críticas en el ciclo de replicación del virus, los cuales se basaron en algunas características estructurales de compuestos con actividad demostrada contra SARS-CoV y MERS, especies de coronavirus similares al SARS-CoV-2. Los resultados sugieren que los ligandos hidroxilados capaces de adoptar una conformación en V podrían tener una buena afinidad por las proteasas Mpro y PLpro y poseer capacidad antioxidante y antiinflamatoria, por lo que podrían ser la base para el desarrollo de nuevos antivirales.